In Phantom Blade Zero seid ihr Soul, ein Elite-Assassine im Dienste einer schwer fassbaren, aber mächtigen Organisation, die einfach als "The Order" bekannt ist. Ihm wurde die Ermordung des Ordenspatriarchen angehängt und er wurde bei der darauffolgenden Fahndung schwer verletzt. Eine mystische Heilerin konnte ihn vor dem Tod bewahren, aber die notdürftige Heilung hält nur 66 Tage an. Er muss den Drahtzieher hinter all dem herausfinden, bevor seine Zeit abläuft, und sich dabei mächtigen Gegnern und unmenschlichen Monstrositäten stellen.